Normalerweise kann das Immunsystem zwischen körpereigenen Strukturen und körperfremden Stoffen unterscheiden. Bei einer Autoimmunerkrankung ist diese Toleranz gegenüber bestimmten körpereigenen Strukturen gestört. Das Immunsystem richtet sich gegen Zellen oder Gewebe des eigenen Körpers und kann dort Entzündungen und Schädigungen hervorrufen.

Je nach Autoimmunerkrankung können unterschiedliche Organe und Gewebe betroffen sein. Bei der Hashimoto-Thyreoiditis richtet sich die Immunreaktion gegen die Schilddrüse, beim Lupus erythematodes können Haut, Gelenke und verschiedene innere Organe betroffen sein. Bei der Zöliakie führt die Aufnahme von Gluten zu einer fehlgeleiteten Immunreaktion, durch die insbesondere die Schleimhaut des Dünndarms geschädigt werden kann.

Eine Autoimmunerkrankung darf nicht mit einer Allergie verwechselt werden. Bei einer Allergie richtet sich die Immunreaktion gegen körperfremde, normalerweise harmlose Stoffe, beispielsweise Blütenpollen oder bestimmte Nahrungsbestandteile. Das Immunsystem reagiert auf diese Stoffe übermäßig und löst dadurch die typischen allergischen Beschwerden aus. Bei einer Autoimmunerkrankung richtet sich die fehlgeleitete Immunreaktion dagegen gegen körpereigene Strukturen.

Autoimmunerkrankungen können sehr unterschiedliche Organe und Gewebe betreffen und gehen häufig mit komplexen Beschwerdebildern einher. Deshalb steht am Beginn der Behandlung eine ausführliche Anamnese, bei der neben der bestehenden Erkrankung auch Ernährung, Verdauung, Lebensgewohnheiten und weitere mögliche Einflußfaktoren berücksichtigt werden.

Je nach Ausgangssituation kann eine gezielte Labordiagnostik sinnvoll sein. Dabei geht es nicht darum, möglichst viele Werte zu bestimmen, sondern Untersuchungen auszuwählen, die für die individuelle Situation tatsächlich von Bedeutung sind.

Auf dieser Grundlage wird die Behandlung individuell zusammengestellt. Einen besonderen Stellenwert nimmt dabei die Ernährung ein. Ziel ist es, ungünstige Einflüsse möglichst zu vermindern und zugleich Bedingungen zu fördern, die den Organismus und seine natürlichen Regulationsvorgänge unterstützen.